YRC Logo
PROTEIN SEARCH:
Descriptions Names[Advanced Search]

View Philius Transmembrane Prediction Details

Prediction Overview

Protein: gi|51471105
Protein type: Transmembrane with Signal Peptide
Type Confidence: 0.97
Topology Confidence: 0.42
From Publication: Reynolds et al. (2008)


Predicted Protein Segments [Show List]:

Prediction Image Map

(Place mouse over segments for confidence values.)


Philius confidence legend

Prediction Sequence Map

Legend: Transmembrane Helix, Non-Cytoplasmic, Cytoplasmic, Signal Peptide

(Place mouse over sequence for confidence values.)

      1          11         21         31         41         51         
      |          |          |          |          |          |          
    1 MKLILWYLVV ALWCFFKDVE ALLYRQKSGG FSYGSSSSGD LDRKKPLFSL EFGSPGETED  60
   61 KSRQRQDAGS PKSEDTPAGG FFNSSSSSGD SDRTKPFFSL GLGAPGKAED KSGDSQDAGG 120
  121 SKSEDTPPGG FFYGSSSSGD SDKKKPLFSF EFGATGEDED KSRERWDAGN SRSEDSPADS 180
  181 TNTRYGAGFS SSGASLDVGF GWGISDEKGL EVSKADGRET RGSGSAGGET IVFGPDAVGT 240
  241 GSSGLKLGAG KGDAAFGFEV SDSNSFGDTG ISSKTVEGNQ TSSSGGSVSI DLGDTSFRSE 300
  301 NQFVGGGSLN SISNLWDSGQ EGFGINEIGG NGMSGSVSAE AGFKGFGSDS SSSVGMLESL 360
  361 EFGLGGKKVG AGFDFKYSGS RKFGGNELSE NGIKVTRESS SSDLAENLGF GLEKFGQKGF 420
  421 GTSGSGWNEQ SSSKSDVSGA VEKSWLFEFG LGETKGGAEF NFRDSGSNQS GDNGNSSKDF 480
  481 DGNGVGDSSA RNGFENSSGI SEDSGVILGS SDQHEVELSR TGGNRKRSSD PDEAGNLSPG 540
  541 SDVSDSGGNT WSSDSGSGGG GKSADELGVG ASGLNEFGET GLSGSEKGSH IPEATPKYSE 600
  601 TNAIIGEIST WSKGAYKSFN GRIFFFESSC PYTFCRHCIE SGGDFNIEIK RNNDSEIEKI 660
  661 TVLIDNNDVS IFGDTILIPY NNKLIHIKKY GEHNVLNSRR GILTLMWDKN NKLSLTLHKQ 720
  721 YPTCGLCGNF NSTPGQDINE HIANSKIPGD CPNAVGKSYE VCEDGIQHCN KIIGTYFEKC 780
  781 GKVAALSNDY KMICIDEYCQ TRDKTSTCDT YSELSRLCAS DGPGTFESWR SDSDVVCGTQ 840
  841 RCPEQHIYKE CGPSNPATCS NVAPFQDSEC VSGCTCPEGY LLDDIGEKGK CVLKAECPCE 900
  901 SSGTVYQPGE VREGPCGSQC TCQDAKWSCT EALCPGRCKV EGSSLTTFDG VKYNFPGNCH 960
  961 FLAVHNEDWS ISVELRPCPS GQTGTCLNSV TLLLNSSVPV DKYVFNSDGT VTNDKIRNQG1020
 1021 YYYSDKIQIF NASSSYLQVE TYFHVKLQIQ IVPVMQLYVS MPPNQFTDTV GLCGSYNNKA1080
 1081 EDDFMSSQNI LEKTSQAFAN SWEMMSCPKG NPSSCISIEK EKFAERHCGI LLDSSGPLAS1140
 1141 CHPIVNPKPY HEECKKYTCT CENSQDCLCT ILGNYVKACA EKETYIVGWR TGLCEHSCPS1200
 1201 GLVFKYNVKA CNSSCRSLSE RDRSCDVEDV PVDGCTCPDA MYQNNEGNCV LKSQCDCYIN1260
 1261 DEVMQPGKLI HIDDNKCVCR DGILLCQIPI DLTLQNCSGG AEYVDCSDPK AQRRTNRTCS1320
 1321 TRNIPVFDEN LPCKRGCFCP EGMVRNSKGI CVFPNDCPCS FGGREYDEGS VTSVGCNECT1380
 1381 CIKGSWSCTQ NECQTICHIY GEGHVRTFDG KSYSFDGLCQ YSFLEDYCGH ENGTFRILTE1440
 1441 SVPCCEDGLT CSRKIIVAFQ DQNIVLQDGK VTAVKSTESK KCELNANAYS IHTVGLYLIL1500
 1501 KFQNGIIVIW DKNTRLSVIL DPNWNGKVCG LCGNNNGDLK DDFTTRYSSV ASGALEFGNS1560
 1561 WKTSQECSDT VAQTFPCDSN PYCKAWAVRK CEILRDSTFR DCHNKVDPSA YHDVCIEEAC1620
 1621 ACDMEGKYLG FCTAVAMYAE ACSAVGVCVS WRKPNLCPVY CDYYNAPGEC RWHYEPCGTV1680
 1681 TAKTCKDQLV GQKFSSLLEG CYAKCPDSAP YLDENTMKCV SLSECSCFYN DVIPAGGVIE1740
 1741 DNCGRTCYCI AGQLECSVST TTATTILSTG AAITLVTGGP STGTTLGPLT EPFTTGITET1800
 1801 SVPIISTSGN AGMTGVVSPT VTGASGMAGT TGGVDAATTG AASENTSERA GTPRVSGETP1860
 1861 AVGGGSTPGE AGPGATVSGS TGVSAGSITA SPGASATSSE SSKSGTTGPS VGGKTGATSS1920
 1921 EATSSEGMSG VTGQSLGSTA GSDSEITAKT SFTGSSPPGK LTRPSPGSPG HFSGGTTEWG1980
 1981 NVATTGAAGE NTSGALGSTE GSVEATTSAG SGNTAGTSGT GDTGPGNTAV SGTPVVSPGA2040
 2041 TPGAPGSSTP GEADIGNTSF GKSGKSGHDS LTVLNPAFLR RTPTVSAAST TSSPVSKHTD2100
 2101 AASATAVTIS GSKPGTPGTP GGATSGGKIT SGWSSSGTST GASNTPGATG SSTGQTDTSG2160
 2161 PSAKVTGNYG QSSEIPGTIK SSSDVSGTMG QSDTTSGPSV AVTRTSEQSS GVTVASEPSV2220
 2221 GVSGTTGPLA EISGTTRPLV SGLRTTGSSA EGSGTTGPSS RESVTTRPLA EGSGTSGQSV2280
 2281 TGSRATGLSA TELGTTVSFT GGLGTSRSSA RETRTTGPSA DGSGTTGPSV VRSGTTRLSV2340
 2341 GVTRATESSP GVTGTTTPSA EESRTTGPSV LVTGTTGQSG QGSGTTGKSF IESGPSVVGS2400
 2401 GTTGPTSAGL GTTAPSTRRS STTKPSVGRT GTTGQSGAES GTTEPSARVA GVTGTSAEVS2460
 2461 GRIEPSATES STSRPLGETT GTTIPSMEGS EATGPSVIGS ETTRLSVIGS GTTGTSSGGS2520
 2521 GATRSSGGGM GTTGQSTARS ETTGPLFGLT GTFGQSATVT GTSSNSAGVT TPEKSPGVAM2580
 2581 TTGLLVEGSA TTQPRILESE TTESSAGVIV TSGQSARVTG ATGPSAGETG TTEPSTEGSV2640
 2641 AAVLFVIGSE TTRPLDIGSG TTGTLSGGSS TTRSSDGTTG TTRKSTARSE TTGLSGLTGT2700
 2701 SGQLAGVTGT SSKSAGVTVT SEKSAGVAVI TGSFVERPVT TGPPLLESET TRPSGGVTVT2760
 2761 SGQSARVTET VGASAGVTGT TGPSTEGSGA TGPSVVGSGT TRPLAGESGT TESSAGVTGT2820
 2821 RPSSSRESAT TGPSDEGSGT TGLSAGVTVT SGQSVRKTGT TGAPAGVTET TRPSVVKSGT2880
 2881 TGPSVIGTRT TGTSSGGSGA TRSSGGETET TGQSAVKSGT TESFTRLTRT SGQSAGMTGT2940
 2941 SAQSAGVALT SPFVEGLVTT GSSTVGLETT RPSAVGSGKT GPPVVKAQTT GPSAGVTVTS3000
 3001 GQSARMTGAS GPSVGVTGTT GPASKGLGTI RPSVVGLETT ELSAEGSGTT GPPIVGETTV3060
 3061 PSAGVTVTSG YSDRVTGATE PLAGVTGTIK PSVAGSVTTG PSVTGVETTA KTTSGGLSTT3120
 3121 ISSVGGTGTT GQSPERSGTT GPFTGLTGTS AQSAGVTMTS IQSAGVLVTT GLNVDGLGTT3180
 3181 GKALIGSGTT GLSAEATGTI GPSTEGLEKT GPSITGSGTT RPLVTESWTA GTSSGGHSTT3240
 3241 SPSVRGTETT GQSAAESVTT GPVTGYTETS GPSAGVTVTP RQSPTVTQTT GSSAAVSGTT3300
 3301 VQSLTVSGTT RPSSGQTEIT GSSVKESGTT ESSAVRSGTT GPTAGVTGTN GPSSAGVTGI3360
 3361 TGSSPGVTGT TGSSPGVTGT TGSSARSGTS IPSVGKTGTT RTSVEESRTT RPSAGITGTN3420
 3421 GLSAEVTGTT GPLAGVTGTT GPSAGVTRTT GLSAGETGTT GLSPGVTRTT RSSAGLTGKT3480
 3481 GLSAGVTGKT GLSAEVTGTT RLSAGVTGTT GPSPGVTGTT GTPAGVTGTT ELSAGVTGKT3540
 3541 GLSSEVTETT GLSYGVKRTI GLSAGSTGTS GQSAGVAGTT TLSAEVTGTT RPSAGVTGTT3600
 3601 GLSAEVTEIT GISAVVTGTT GPSAGVTETT GSSAGVAGTT RLSAGVTGIT GLSAGVTGTT3660
 3661 GLSTEVTGTT GPSAGATGTT GLSVGVTGIT GLSDVVTETT GSSARSGTGI PSVGETRTTS3720
 3721 TSVEESRTTR PSAGIMGTNG LPAEVTGTTE PLAGGTGTTG ILAGVTGTTG LSAGETGKIG3780
 3781 SSAGVTGKTG SSARVTGKTG PSAEVTGKTG LSAGVTGTTG LSPGVTGTSG LSAEVTGTTG3840
 3841 PSAEATGLPG VSAGVTGTTG SLAGGTGTIG LSAGVTGTTG SSAGVTGTTG LSAGVTGIAG3900
 3901 LSAGVTGITG PSAGVTGTTT VSAGVTGTTG LSAEATEITG LSAGVTGTTG LSAGVTETIR3960
 3961 LSAGVTGTIR SSAGVTGITG LSAGVTGTTG PSAGVTGSTG LLAGVTETTG QSAKVTGTTG4020
 4021 QSVGVTGTTR SSGGVTGITG LSAGVTGTNG LSAVTGMTGL SAEVTGTTGL SVGVTGIAGL4080
 4081 SAGVTGITGP SAGITGTTTI SAGVTGTSGL SAEATGITGL SAGVTGKTGL SAGVTETIGL4140
 4141 SAEATGTIGS SPGVTGTTGS STGVTGITGL SAGVTGTTGL STEVTGTTGP SAGVTRTTGL4200
 4201 SAGVTGITGL SAIVTETTGS SARSGTTGGT GTTGLSAGVT GTVGSSAVVT GTTGLSAGVT4260
 4261 GTTGPSAEET GATGPSAEVT ETTGPSAGVT GTGRLSAEVT GTTGPSAEVT GLPGESAEVT4320
 4321 GTIGSPAGVT GTTQLSAVVT GITGLSAEVT GTTGLSAGVT GITGLSAEVT RTTGLSAGVT4380
 4381 GTIGLSAGVT GTTRPSAGVT GTTGQSAEVT GTTEPSAGLT ETTGSSTGVT GATGPLAGVT4440
 4441 GTTGISTEVT GTTGPSARVT GTTVLSAGVT GITGLSAIVT ETTGSSARSG TSTPSVGETG4500
 4501 TTRTSVEESR ATRPSAGITG TNGQSAEVTW ITGPLAGVTG TTGISAGVTG TTGLSAGVTG4560
 4561 TIGSSAVVTG INGLSAGVTG TTGPSAEETG ATGPSAEVTG TTGPSAEETG ATGPSAEVTG4620
 4621 TTGPSGGVTG TNGLSAEVTG TTGPSAEVTG LPGVSAGVTG TIGSPAAVTG TIRPSAVVTG4680
 4681 ITGLSAEVTG TTGLSAWVTG IAGLSAGVTE TIGSSAGVTG TNGLSAEATG TTGPSAGVTG4740
 4741 TTGLSAGVTG TAGLSARVTE STGLSAGVTG TTGLSAGVTG TTGPSAGITG TNGLSAEVTG4800
 4801 TTGPLAGVTG TIGLSAGVTG IAGLSAGVTE STGLSAGVTG TIRSSAVVTG INGLSAGVTG4860
 4861 TTGPSAEETG ATGPSAEVTG TTGPSGGVTG TSGISAEVTG TTGPSAEVTG LPGVSAGVTG4920
 4921 TIGSPAAVTG TTRPSAVVTG ISGLSAEVTG TTGLSAGVTE TIGSSAGVTG TNGLSAEATE4980
 4981 TTGPSAGVTG TTGLSAGVTG TTGPSAGIAG TNGLSAGVTG TTGLSARVTE STGLSAGVTG5040
 5041 TIGSSAVVTE TTRLSSGVTG TIGPSAEETG ATGLSAEVTG TTGSLAEVTG TTGLSAGVTG5100
 5101 TIGSSAVVTG TTGLSAGITG TNGLSAEVTG TAGPLAGVTG TTGLSAGVTG TTGLSAGVTE5160
 5161 TTGQSAGVTE STGLSPGVTG TIGSSAVVTG IKGLSAGVTG TTGPSAEETG ATGPSAEVTG5220
 5221 TTGPSGGVTG TSVLSVEVTG TTGPSAEVTG LPGVSAGLTG TIGSPAAVRG TTWPSAVVTG5280
 5281 ISGLSGEVTG TTGLSAGVTG IGGLSAGVTG TIGSSAGVTG TNALSAEATG TTGPSAGVTG5340
 5341 TTGLSAGVTG TTGLSAGVTG TIRSSAVVTE TTGLSAGVTG TTGPSAGIAG TNGLSAEVTG5400
 5401 TTGLSAGMTG TTGLSARVTE STGLSAGVTG TIGSSAVVTE TTRLSAGVTG TIGPSAEETG5460
 5461 ATGLSAEVTR TTGSLAGVTG TTGPSAVVTG KTELSAEVTG TTELSAEVTE KTGPSAEVTG5520
 5521 KTGLSAGVME TTGPSAEVTG TTGSSAGVTG TTGPSAGVTG TTGPSAEATG LPGVSAGVTG5580
 5581 TIGSPAGVTG TARLSAVVTG ISGLSAEVTG TTGLSTGVTG IAGHSAAVTG ITRPSAGVTG5640
 5641 TTTVSAGVTG TIGLSAEATG ITLPSAGVTE TTGLSAGVTE TIGLSAGVTG TIGSSAGVTE5700
 5701 ITGLSAGVTG TTGPSAGVTG STVLSAGVTA TTGQSVGVTG TTGPSAGVTG TTGLSAGVTG5760
 5761 IAGLSAGVTG ITGPSAGVTG TTTVSAGVTG TTGLSAEATE ITGLSAGVTG TTGLSAGVTG5820
 5821 IAGLSAGVTE TIGSSAGVTG TNGLSAEATG KTGPSAGVTG TTGLSAGVTG TTGLSAGVTE5880
 5881 TIGLSAGVTG TIGSSAGVKG TTGQSAEVTG ATGQSVGVTG TTRSSGGVTG ITGLSAGLRG5940
 5941 TTVSSAKAGT SIPLTGKTGT TRTSVEESTT TGPSAGITGT NGLSAEMTGT NELSAGVTGT6000
 6001 IGSSAGVTGT TGLSVEATVT TGLSAGVTGT TVPLAGVTWT PGPSAGVTGI AALSAGVTGK6060
 6061 SGLSAGVTGK TGLSAGVTGT TGPSAEATGK TGLSAGVTGI TGPFAEVTGT TGLSAGVIGT6120
 6121 TGSSAEVTGI TGLSAGVTGK TRSSAGVTGT TGLSAKSGTS IPSAGKTGTT KTSVEESRTT6180
 6181 RPSAGITGTN GLPARVTGTT EPSVCTTTVI GRTTGEPGTT TGVPAATSPG AEGESIASTS6240
 6241 VATGAIPRST IAPGSTTTGT TGVTTGTTLA PRSFNIGTSG GISGKTLKPG SYVSEATTAT6300
 6301 GTPGAGPSGG ITGVGSETSI ETGISNTEAT TSIGGSASTR GGIATEATGS TRGVRTTGSE6360
 6361 APEGTSGEFS GTTISSGGFH TESTTSLPQS AKTRGGILTE ATSSTGRIRA TGSEAPGGTS6420
 6421 GEFPGTTFTS GGSHTEATTF TGDKGSTGTE SRAGEDEQPP PLGQLLAQLL SLAVPIQRPQ6480
 6481 VPPEGSGPPG QKHQEVLLVN SLGQELHLEV PTQPPPGQLL AQLLPLAVPT RRPQVPPEGS6540
 6541 GPPDQKLQER PQLSQETGAV PEVNPEQFIN EWENTSEWQP EKVAFDIQLL LAFDVNRFLL6600
 6601 EAGLQDTSGS HCGDASSSCV SATTGVAPGT TVAPGSSKTE ATTFLGVSGT TNIGRATGAT6660
 6661 TSIVGSDTSQ AERPGGTTVV SPGASSTSQS SRPGTSVTPD SSASESETVT TKEFSGTTAI6720
 6721 SRTSHTEATT SVGERETTKA EIITGTTEGI SGKTLEAGSA HTGDTGELSG TTIISENSTT6780
 6781 GTSEVAPSTT VAPGSFSTGA PPFHSMPPES FPFVSFFFQQ PQLLLEQVER LGLQQLQRPQ6840
 6841 LSQEAAEPPK QDHTGGELVR LRPEALIMSL SGSYREQIVK AFEVGPAFYS GQYGVLSTWS6900
 6901 VILLLNFMTL DSQAGTSEVA PATTVAPGSF STAATTSPGA SGMTGVTTTT KATTSVEESR6960
 6961 ITRAEVITGT SGVSLATTVA PGSFSTATTS SGASGITRAG PNSEATTSVG ENGKTRGEII7020
 7021 TGTTGELSRM TIIPGSSNTA TISPGASRTT GAAPAAETTT SLEGGGTTGA EIKSGTAGVP7080
 7081 SATTIAPGSS NSEATTSLGE SGKTRVETIT GTTEGKTLAA GSAHTDIMGE SSRTTILSGS7140
 7141 SNTGTSGVAP GTTVAPGSFS TAATTSPGAS GVTGTGPTAE ATTFSGITEA VTVPSKNGKL7200
 7201 VK

YRC Informatics Platform - Version 3.0
Created and Maintained by: Michael Riffle