YRC Public Data Repository - View Philius Transmembrane Prediction Details

Prediction Overview

Protein:	gi\|11357287, gi\|...
Protein type:	Globular with Signal Peptide
Type Confidence:	0.97
From Publication:	Reynolds et al. (2008)

Predicted Protein Segments [Show List]:

Prediction Image Map

(Place mouse over segments for confidence values.)

Prediction Sequence Map

Legend: Transmembrane Helix, Non-Cytoplasmic, Cytoplasmic, Signal Peptide

(Place mouse over sequence for confidence values.)

      1          11         21         31         41         51         
      |          |          |          |          |          |          
    1 MGPSTHLICA LGVVIMATMV AAYDPYTDSS PPPLYSSPLP KIEYKTPPLP YIDSSPPPTY  60
   61 SPAPEVEYKS PPPPYVYSSP PPPTYSPSPK VEYKSPPPPY VYSSPPPPTY SPSPKVEYKS 120
  121 PPPPYVYSSP PPPTYSPSPK VEYKSPPPPY VYSSPPPPTY SPSPKVEYKS PPPPYVYSSP 180
  181 PPPTYSPSPK VEYKSPPPPY VYSSPPPPYY SPSPKVEYKS PPPPYVYSSP PPPTYSPSPK 240
  241 VDYKSPPPPY VYSSPPPPYY SPSPKVEYKS PPPPYVYSSP PPPTYSPSPK VDYKSPPPPY 300
  301 VYSSPPPPYY SPSPKVDYKS PPPPYVYSSP PPPTYSPSPK VEYKSPPPPY VYSSPPPPTY 360
  361 SPSPKVEYKS PPPPYVYSSP PPPTYSPSPK VEYKSPPPPY VYSSPPPPTY SPSPKVEYKS 420
  421 PPPPYVYSSP PPPYYSPSPK VEYKSPPPPY VYSSPPPPTY SPSPKVDYKS PPPPYVYSSP 480
  481 PPPYYSPSPK VYYKSPPPPY VYSSPPPPYY SPSPKVYYKS PPPPYVYSSP PPPYYSPSPK 540
  541 VYYKSPPPPY YSPSPKVYYK SPPPPYVYSS PPPPYYSPSP KVYYKSPPPP YVYSSPPPPY 600
  601 HSPSPKVQYK SPPPPYVYSS PPPPYYSPSP KVYYKSPPPP YVYSSPPPPY YSPSPKVYYK 660
  661 SPPPPYVYSS PPPPYYSPSP KVYYKSPPHP HVCVCPPPPP CYSPSPKVVY KSPPPPYVYS 720
  721 SPPPPHYSPS PKVYYKSPPP PYVYSSPPPP YYSPSPKVHY KSPPPPYYAP TPKVHYKSPP 780
  781 PPYVYSSPPP PYYSPSPKVH YKSPPPPYVY SSPPPPYYSP SPKVEYKSPP PPYVYSSPPP 840
  841 PYYSPSPKVD YKSPPPPYVY SSPPPPYYSP SPKVDYKSPP PPYVYSSPPP PYYSPSPVVD 900
  901 YKSPPPPYVY SSPPPPYYSP SPKVEYKSPP PPYVYKSPPP PSYSPSPKTE Y

Type	Start	End	Confidence
Signal Peptide	1	22	0.97
N-region	1	13
H-region	14	19
C-region	20	22
Cleavage Site	22	23
Non-Cytoplasmic	23	951	0.99