YRC Public Data Repository - View Philius Transmembrane Prediction Details

Prediction Overview

Protein:	gi\|7267482, gi\|5...
Protein type:	Transmembrane
Type Confidence:	0.84
Topology Confidence:	0.74
From Publication:	Reynolds et al. (2008)

Predicted Protein Segments [Show List]:

Prediction Image Map

(Place mouse over segments for confidence values.)

Prediction Sequence Map

Legend: Transmembrane Helix, Non-Cytoplasmic, Cytoplasmic, Signal Peptide

(Place mouse over sequence for confidence values.)

      1          11         21         31         41         51         
      |          |          |          |          |          |          
    1 MFMIKYNIKP KQRKKIVAMG VIRTSRTMGL GQCMVYVVVL SAIAATVTSY PYTSPQTPHY  60
   61 NSPSHEHKIP KYTPHPKPSI YSSSPPPSYY SPSPKVDYKS PPPSYVYSSP PPPYYSPSPK 120
  121 VDYKSLPPPY VYSSPPPPYY SPSPKVNYKS PPPPYVYSSP PPPYYSPSPK GDYKSPPPPY 180
  181 VYSSPPPPYY SPSPKVDYKS PPPPYVYSSP PPPYYSPTPK VDYKSPPPPY VYSSPPPPYY 240
  241 SPSPKVDYKS PPPPYVYSSP PPPYYSPSPK VNYKSPPPPY VYGSPPPPYY SPSPKVDYKS 300
  301 PPPPYVYSSP PPPYYSPSPK VNYKSPPPPY VYGSPPPPYY SPSPKVDYKS PPPPYVYSSP 360
  361 PPPYYSPSPK VDYKSPPPPY VYSSTPPPYY SPSPKVDYKS PPPPYVYSSP PPPYYSPSPK 420
  421 VDYKSPPPPY IYSSTPLPYY SPSPKVDYKS PPPPYVYSSP PPPYYSPSPK VDYKPPPPPY 480
  481 VYSSPPPPYY SPSPKVDYKS PPPPYVYSFP PPPYYSPSPK VDYKSPPPPY VYSSPPPPYY 540
  541 SPSPKVNYKS PPPPYVYSSP PPPYYSPSPK VEYKSPPPPY IYSSPPPPYY APSPKVDYKS 600
  601 PPPPYVYSSP PPPYYSPSPK VDYKSPPPPY VYSSPPPPYY SPSPKVNYKS PPPPYVYSSP 660
  661 PPPYYSPSPK VDYKSSPPQY VYSSPPTPYY SPSPKVTYKS PPPPYVY

Type	Start	End	Confidence
Cytoplasmic	1	27	0.79
Transmembrane Helix	28	48	0.74
Non-Cytoplasmic	49	707	0.99