YRC Logo
PROTEIN SEARCH:
Descriptions Names[Advanced Search]

View Philius Transmembrane Prediction Details

Prediction Overview

Protein: gi|17431654
Protein type: Transmembrane
Type Confidence: 0.69
Topology Confidence: 0.55
From Publication: Reynolds et al. (2008)


Predicted Protein Segments [Show List]:

Prediction Image Map

(Place mouse over segments for confidence values.)


Philius confidence legend

Prediction Sequence Map

Legend: Transmembrane Helix, Non-Cytoplasmic, Cytoplasmic, Signal Peptide

(Place mouse over sequence for confidence values.)

      1          11         21         31         41         51         
      |          |          |          |          |          |          
    1 MVSPSVLSNH TDIPVTSTTT FVTAPNGPAN FLVAAHKDDV ANYARSGNDL VVEFKDGHAL  60
   61 RLQGFFANGT DFHNLVFQQE DGRMLAVFDG ALTAEGDGIV DSAVTLEAIA ESSSTATLLG 120
  121 ILGAVGLGAG IAAAGGGGGG GSTAAVGAGT GSGSVAPPAS VSVDSVDGRT AGSGVVTTNA 180
  181 SPAVTGSGAV PNAQVTVSVD GQSTGTVTAD ANGNWSYALT SLSDGSHQVT AIQTDSSGTS 240
  241 SAPTAVAFTV DTVAPASPVV ASVTDDVDPV TGAIVSGSST NDATPTLAGT AEAGSTITVY 300
  301 DNGTAIGTAT ADASGNWTFT PATALADGSH SITVTATDAA GNVSPATSAI TLTVDTAAPT 360
  361 APTLNPSDGT TLSGTAEAGS TVSLDLNGDG TPDATVTADA SGNWTYTPTT PLADGTVVSA 420
  421 TATDPAGNVS PAATVTVAPT GTTLAAPVIS TVTDDVAPVT GAITAGSSTN DATPTLTGTA 480
  481 EASSTVSVFD GTTLLGTTTA DASGNWTFTP TTALTDGSHS LTATATDTAG NVSTASSAFA 540
  541 LTVDTAAPAT PVVASVTDDV APVTGALTSG GSTNDATPTL AGTADPNSTI SIFDGTTLLG 600
  601 TTTADASGNW TFTPTTALTD GSHSLTATAT DPAGNVSTAT SAFTLTVDTA APATPVVASV 660
  661 TDNVAPVTGT LTSGGSTNDT TPTLAGTAEA SSTVSVFDGT TLLGTTTADA SGNWTFTPTT 720
  721 ALTDGSHSLT ATATDTAGNV STASSAFALT VDTAAPATPV VASVTDDVAP VTGALTSGGS 780
  781 TNDATPTLAG TADPNSTISI FDGTTLLGTT TADASGNWTF TPTTALTDGS HSLSAAATDA 840
  841 AGNVGAASSA FTLTIDTAAP AIPVISTVTD NVAPVTGDIT AGGSTNDTTP TLAGTAEANS 900
  901 TVSIFDGTTL LGTTTADASG NWTFTPTTAL ADGSHSLTAT ATDATGSVSP ATTAFTLTVD 960
  961 TAAPATPVIS SVTDDVAPVT GAITSGSSTN DATPTLAGTA EANSTVSIFD GTTLLGTTTS1020
 1021 DASGSWTFTP TAALTDGSHS LTATANDAAG NVSTASSAFT LTVDTATPAT PVISTVTDNV1080
 1081 APVTGAITAG SSTNDPTPTL AGTAEANSTV SVFDGTTLLG TTTADASGNW TFTPTTALAD1140
 1141 GSHSLTATAT DATGSVSPAT TAFTLTVDTA APATPVIGTV TDDVAPVTGA ITAGSSTNDA1200
 1201 TPTLTGTAEA DTTISIFDGT TLLGTTTADA LGNWTFTPTT ALTDGSHSLT ATATDAAGNV1260
 1261 SAATSAFILT VDTATPATPV ISTVTDNVAP VTGDITAGGS TNDAMPVLTG TAEANSTISI1320
 1321 FDGTTLLGTT TADASGNWTY TPTTALADGS HSLTATATDA AGNVSTATSA FTLTVDTAAP1380
 1381 ATPVISAVTD AVAPVTGTLT SGGSTNDPTP TLAGTAEANS TISILDGTTL LGTTTADASG1440
 1441 NWSFTPTTAL ADGNHSLTAT ATDAAGNVST ATSAFTLTVD VSVPLAPVLV SVTDDVSPVT1500
 1501 GTLTSGGSTN DATPTLAGTA EADTTVSIFD GTTLLGTTTA DALGNWTFTP TTALTDGSHS1560
 1561 LTATATDATG SVSPATAAFT LTVDTAAPAT PVIGTVTDDV APVTGAITAG SSTNDATPTL1620
 1621 TGTAEANSTI NVFDGTTLLG TTTSDASGNW TYTPTAALTD GSHSLSATAT DATGSVSPAT1680
 1681 AAFTLTVDTA APATPIIGTV TDDVAPVTGA ITAGGSTNDA TPTLTGTAEA NSTVSIFDGT1740
 1741 TLLGTTTADA SGNWSYTPTT ALTDGSHSLT ATATDAAGNV SPATSAFTLT VDTAAPATPV1800
 1801 ISAVTDAVAP VTGTITSGGS TNDAAPTLTG TAEANSTINV FDGTTLLGTT TADALGSWTF1860
 1861 TPTTALIDGS HSLTATATDA AGNVSTASSA FTLTVDTAAP ATPVIGTVTD AVAPVTGTIT1920
 1921 AGGSTNDANP TLTGIAEGNS TVSIFDGTTL LGTTTADASG NWSYTPTTAL TDGSHSLTAT1980
 1981 ATDAAGNVSS ASSAFTLTVD TAAPAAPVIG TVTDDVAPIT GTVAAGGSTN DTTPTLAGTA2040
 2041 EANSTINVFD GTTLLGTTTA DASGNWTFTP STPLTDGSHS FTATATDAAG NVGTASSAFT2100
 2101 LTVDTDAPTI PVISTVTDSV APVTGAITAG GSTNDAMPVL TGTAEANSTI SVFDGTTLLG2160
 2161 TTTADASGNW TFTPTTALTD GSHSLTATAT DPAGNVSTTS SAFALTVDTT APAAPVITTV2220
 2221 TDAVSPVTGA ITAGGSTNDA APALTGTAEA YSTISVFDGT TLLGTTTADA SGNWTFTPTT2280
 2281 ALTDGSHSLS ATATDATGNV STASSAFTLT VDTDAPATPV ISTVTDDVAP VTGAITAGGS2340
 2341 TNDATPTLAG TAEANSTVSI FDGTTLLGTT TADASGSWTF TPTTALTDGS HSLTATVTDA2400
 2401 AGNVSTASTA FTLTVDTAAP AAPVLNPTTG TTLSGTAEAN STISVSDGTT LLGTTTADAS2460
 2461 GTWTYTPTTP LASGTVVSAT ATDPAGNVSP AATVTVTAVN TAPAAPVIST VTDDVAPITG2520
 2521 AITAGGSTND ATPTLTGTAE ADSTISVFDG TTLLGTTTAD ASGNWTFTPT TALTDGSHSL2580
 2581 TATATNATGD VSPASSAFTL TVATAAPATP VITTVTDDVA PVTGAIAAAG STNDATPTLA2640
 2641 GTAVANSTVS VFDGTTLLGT TTADASGNWT FTPTTALTDG SHSFTATATD AAGNVSAASS2700
 2701 AFTLTVDTAA PATPVVGTVT DSVAPVTGAI TAGGTTNDAT PTLTGTAEAN STISIFDGIT2760
 2761 LVGTTTADAS GNWTFSPTTA LADGSHSLTA TATDAAGNVS TASSAFALTV DTAAPAAPVL2820
 2821 VSVTDNVAPL TGTIAAGGAT NDATPTLTGT AEANSTISVF DGTTLLGTTT ADASGNWTFT2880
 2881 PTTSLADGSR SLTATTTDTA GNVSTASTAF TLTVDTDAPP TPVITTVTDN VAPVTGAVTA2940
 2941 GGSTNDATPT LTGTAEAHNM ISIFDGATLI GATVADASGN WTFTPIQPLA DGNHSLTATA3000
 3001 TDPAGNVGTA SSTFTLTVDT AAPAAPVIST VTDNVAPVTG AITAGGSTND AMPVLTGTAE3060
 3061 ANSTVSILDG TTLLGTTTAD ASGNWTFTPT TALTDGSHSI TATATDAAGN VSTASSAFAM3120
 3121 TVDTAAPATP VITTVTDDVA PVTGAITAGG STNDATPTLT GTAEANSTIS IFDGSTLLGT3180
 3181 VTADASGNWT YTPTTALADG SHSFTATATD AAGNVSTATS AFTLTVDTAA PATPALVSVT3240
 3241 DDVAPVTGVL TSGGSTNDAT PTLTGTAEAN STVSILDGTT LLGTTTADAS GNWTFTPTTP3300
 3301 LADGSHSLTA TATDAAGNVS TATSAFTLTV DTAAPATPVL ASVTDDVAPV TGALTSGGST3360
 3361 NDATPTLAGT AEANSTISIL DGTTLLGTTT ADASGNWTFT PTTALADGSH SLTATATDAA3420
 3421 GNVSTATSAF TLTVDTAAPA TPVLVSVTDD VAPVTGVLTS GGSTNDATPT LTGTAEANST3480
 3481 ISVFDGTTLL GTTTADASGN WTFTPTTGLT DGSHSLTATA TDAAGNVSPA TSAFTQTVDT3540
 3541 AAPATPALVS VTDDVAPVTG VLTSGGSTND ATPTLAGTAE ANSTISILDG TTLLGTTTAD3600
 3601 ASGSWTFTPT TGLTDGSHSL TATATDAAGN VSTATTAFTL TVDTVAPTTT ATLTTLTADT3660
 3661 GTTGDWITGD TAPTLSGTVS AALGTGETVQ VSLDGGTTWS DAVVSGTSWS WYPVAQFAAG3720
 3721 GYTAMTRVVD AAGNAGAASS QAFTIQTTAA PVVSVQQSAG LLGIAGANLF DLIDFSQQQL3780
 3781 FAATDYNNNI QSVVLHYGGV ASLLSTSQYS ANSALASELG LQFSVVNNNG ILGIAASSTM3840
 3841 TITATDGGTI DNLRLNEFLG SVTLSGGGLL GINASLLSSV TIQATDSTSL SSTANAGQLL3900
 3901 NVSLLGTTQP SAIIEGTSGN NTLTGTSGND RLYGYAGDDT LNAGAGNDLL RGGAGNDVLN3960
 3961 GGDGNDILIG GAGNDTLTGG AGGDIFLWEV NAADNTGGNG ADTITDFTLA SGPDDATADR4020
 4021 IDVSALLVGY TADADGAAHY VNGVATIDSG DTIGQYLTAT SDGAGNTVIT IDRDGAGTTY4080
 4081 SATTLVTLTN VTTNLETLLA NHQILV

YRC Informatics Platform - Version 3.0
Created and Maintained by: Michael Riffle